(1)微生物菌剂。指目标微生物(有效菌)经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂，它具有直接或问接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用;应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性可分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。

(2)复合微生物肥料。指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。

微生物菌剂里面单纯的就是活菌制剂，里面没有其他营养物质（N+P2O5+K2O，中微量元素，生物菌体蛋白，有机质，活性炭，活性钙，腐殖酸等），这是微生物菌剂于微生物肥料的明显的区别。微生物菌剂里面的菌种纯度高，有效活菌数含量≥50亿/克。微生物肥料一般是有效活菌数≥2000万/克。

(3)生物有机肥。指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为原料并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。发挥了生物菌"解"的作用，本身又供应了各种营养，是生物菌应用上的一大进步。

微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根，作基肥、追肥，沟施或穴施。在蔬菜上使用微生物肥料，主要目标是防治根部病害。如枯萎、黄萎、立枯、疫霉根腐、腐霉根腐等。特点是解决蔬菜死棵问题，除用溴甲烷等处理土壤，用杀菌剂早做预防外，使用微生物肥料是预防根部病害理想的新方法之一。目前在我国蔬菜上应用的微生物肥料种类繁多，效果各异。